Yıl: 2977 Kainat devasa bir galaksiler arası savaşa ev sahipliği yapıyor. Ataları Dünya'dan sürülmüş olan milyonlarca insan ise halen daha evi olarak gördükleri bu gezegene geri dönme arzusunu taşımaktadır. Dünya tüm gezegenler arasında en değerli olandır, çünkü sunduğu kaynaklar diğer gezegenlerden kat kat fazladır. Ancak tek sorun tüm galaksideki insan ırkını yöneten Gaia koalisyonunun kontrolü altında olmasıdır. Sürülen ve aşağılanan Kaptan Harlock, Arcadia gemisindeki ekibiyle birlikte dünyaya geri dönüp kendilerine ait olanı almaya karar verirler. İnsanlığın tek umudu olan bu ekip Gaia'nın sırlarını keşfedip gücüne son vermeye çalışacaktır.