Bu film de Fineas ve Ferb için Ajan P’nin gerçek yüzünü keşfetme zamanı geliyor! Yaramaz ikilimiz, evcil hayvanları ornitorenk Perry’nin aslında gizli bir ajan olduğunu ve Ajan P olarak her gün kötü güçlerle savaştığını öğrenirler. Fineas ve Ferb, Perry’ye yani Ajan P’ye destek olmaya çalışırken ilginç olaylar birbirini izler ve bambaşka bir boyuta geçerler.
Bu yeni boyuttaki dünya, yaşadıkları ve tanıdıkları dünyadan çok ama çok farklıdır. Bu boyutta Dr. Doofenshmirtz, Tri-State bölgesini yönetmektedir ve tahmin edebileceklerinden çok daha tehlikeli bir adamdır.
Fineas ve Ferb kardeşler, Dr. Doofenshmirtz’in asıl amacının kendi boyutlarındaki Tri-State bölgesini ele geçirmek olduğunu duyunca gerçek macera başlar. Çünkü bu kötü niyetli doktoru yenebilmek için yapabilecekleri tek şeyin; kendilerinin ve ikinci boyuttaki diğer Fineas ve Ferb’ü bir araya getirmek olduğunu anlarlar.